Він віддав Єлеазара до початкової школи при монастирі. Після її закінчення здібний хлопець стає студентом Києво-Могилянського колегіуму. А згодом – вступає до Володимир-Волинського уніатського колегіуму, живе у базиліянському монастирі, де приймає унію й постригається у ченці під іменем Єлисей. Уніатський єпископ Заленський помітив надзвичайне обдарування молодого ченця і сприяв його переведенню до Римської католицької академії св. Афанасія, в якій готували богословів для поширення католицтва серед прихильників східного Православ'я.

У Римі Єлисей користувався ватиканською бібліотекою, крім богословських наук, вивчав твори древніх латинських та грецьких філософів, істориків, пам'ятки старого й нового Риму, засади католицької віри та організації папської церкви, знайомився з творами Томмазо Кампанелли, Галілео Галілея, Джордано Бруно, Міколая Коперника.

Не закінчивши повного курсу академії, він залишає Рим. Пішки проходить Францію, Швейцарію, Німеччину, деякий час студіює в місті Галле, де знайомиться з ідеями реформаторства.

1704 року повертається в Україну, спершу – в Почаївський монастир, потім – у Київ, зрікається католицької віри і постригається у православні ченці, прийнявши ім'я Феофана в пам'ять про свого дядька.

З 1705 року викладав риторику, піїтику та філософію у Києво-Могилянському колегіумі, написав трагікомедію "Володимир", присвятивши її гетьману Івану Мазепі. Водночас виголошує богословсько-філософські проповіді, завдяки яким був помічений київським генерал-губернатором Д.Голіциним та О.Меншиковим. Незабаром його призначають ректором Києво-Могилянської академії.

Згодом за бажанням Петра I Прокопович переїжджає до Петербурга, стає Єпископом Псковським і Нарвським, наближеним до царського двору. Пише книги "Апостольська географія", "Коротка книга для навчання отроків", "Духовний регламент". За наказом царя готує указ про устрій чернецтва, який упорядковував і регламентував монастирське життя за взірцем давніх монастирських статутів, бере активну участь у здійсненні реформ у Росії. Після смерті Петра I сприяє сходженню Катерини I на трон.

1725 року Прокоповича призначено Архієпископом Новгородським і першим членом Синоду, фактичним главою Російської Православної Церкви. Він бере участь в організації Російської Академії наук, очолює так звану "учену дружину" діячів культури, до якої належали Татищев, Кантемір та інші. Останнє десятиріччя життя зазнавав переслідувань з боку противників петровської політики, які плели навколо Прокоповича інтриги, слали в Синод доноси, намагаючись позбавити його високого становища в церковній ієрархії.

19 вересня 1736 року помер у Новгороді, похований у новгородському Софійському соборі.